Joseph Kliegman / May 16 2019

Seurat Environment

install.packages(c("Matrix", "Seurat"))
679.7s
seurat-env (R)
R
wget --progress=bar:force http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz -P /results
4.4s
seurat-env (Bash in R)
R
fftw-3.3.8.tar.gz
tar -zxvf 
fftw-3.3.8.tar.gz
1.4s
seurat-env (Bash in R)
R
cd /fftw-3.3.8
./configure
make
make install
99.3s
seurat-env (Bash in R)
R
git clone https://github.com/KlugerLab/FIt-SNE.git
cd FIt-SNE
g++ -std=c++11 -O3  src/sptree.cpp src/tsne.cpp src/nbodyfft.cpp  -o bin/fast_tsne -pthread -lfftw3 -lm
pwd
9.7s
seurat-env (Bash in R)
R